Sua fase de treinamento terminou apenas em 1941. À altura da guerra a RAF efetuava freqüentemente bombardeios noturnos con-tra várias cidades na Alemanha e nos territórios ocupados. Para en frentar essa situação, foram criadas por Wolfgang Falck as primei- ras unidades de caça noturna. A antiga ZG 1 (Zerstorergeschwader 1) recebeu a nova nomenclatura NJG 1, passando a operar em mis-sões contra as operações da RAF.

No inverno deste ano, o então Leutnant Manfred Meurer foi designa-do para servir com o 9./NJG1. Na sua primeira missão de combate, na madrugada de 26/27 de março de 1942 ele abateu um quadrimo tor inglês. Até o final de 1942, o então Oberleutnant Meurer já contava com oito vitórias noturnas confirmadas.

Em 1º de janeiro de 1943 ele recebeu a função de Staffelkapitän do 3./NJG 1. Neste ano, Meurer conseguiu creditar várias vitórias múl-tiplas, algo um tanto raro para os pilotos de caças noturnos. Na noi te de 14/15 de fevereiro ele abateu três bombardeiros britânicos (vi-tórias de números 12 a 14). Menos de um mês depois, na noite de

Durante o mês de maio de 1943, o desempenho do Oberleutnant Meurer seria impressionante. Pilotando seu Bf 110, ele derrubou nada menos que 14 bombardeiros da Real Força Aérea, muitos deles em vitórias múltiplas. Entre as noites de 23 e 26 de maio ele abateu seis aeronaves, além de outras quatro vitórias que seriam alcan çadas na madrugada de 29/30 desse mês.

Em uma missão de rotina, na madrugada de 26/27 de ju-lho, o Hauptmann Meurer derrubou seu 50º inimigo. Este infeliz Mosquito da RAF, possibilitou que ele fosse condecorado, em 02 de agosto de 1943, com as Folhas de Carvalho da Cruz de Cavaleiro, tornando-se o 264º soldado a receber tal honra-ria.

Três dias mais tarde, Manfred Meurer transferiu-se para atuar como Gru-ppenkommandeur do II./NJG 5. Nesta unidade, ele conseguiria mais seis vitórias noturnas. Porém sua passagem foi muito rápida.

Com a morte do Hauptmann Hans-Dieter Frank, Meurer teve que assumir o comando do I./NJG 1, o qual operava os novos caças Heinkel He 219 "Uhu". Neste avião, Meurer abateu cinco bombardeiros britânicos. No dia 12 de de-zembro de 1943, ele creditou mais um Mosquito, o qual tornou-se sua 60ª vítima.

Mas a sorte do Hauptmann Manfred Meurer chegaria ao fim na noite de 21-22 de Janeiro de 1944. Nesta noite a RAF lançou um ataque noturno contra a capital do Reich, Berlim. O Gruppe de Meurer foi incumbido de defender a cidade. Durante a interceptação, ainda sobre Magdeburg, o seu He 219A-0 "G9 + BB" (Werknummer 190070) colidiu com um quadrimotor Lancaster. As duas aeronaves mergulharam juntas para morte. Mesmo após o choque, elas ainda permaneceram unidas e numa delas encontraram o corpo de Meurer.