Tendo ingressado na Luftwaffe em novembro de 1937 como Fahnen-junker, após a conclusão de seu treinamento, Bonin foi designado para servir como Leutnant junto ao 6./NJG 1 (6º Staffel da Nachtjagd geschwader 1) em 23.10.1941. Tendo se juntado à caça noturna ain da no início de seu desenvolvimento, ele desempenhou um papel im-portante no desenvolvimento de suas táticas, alcançando sua primei ra vitória noturna na noite de 10 - 11.05.1941.

Nomeado Gruppenadjudant do II/NJG 1 (Gruppe II da NJG 1) em 01. 11.1941, Bonin tornou-se Staffelkapitän do 6./NJG 1 em 22.05.1942. Servindo sob as ordens de Wolfgang Falck e ao lado de nomes co-mo Hans-Joachim Jabs, Heinz Wolfgang Schnaufer e Martin Dre-wes, ele chegaria ao final daquele ano com um total de nove vitórias noturnas. Naquele ano, em seu primeiro encontro contra uma forma- ção de bombardeiros diurnos da 8ª Força Aérea americana, ele con-seguiu o feito de abater duas Fortalezas Voadoras Boeing B-17.

Nos combates noturnos, ele prosseguiria obtendo suces sos diante da RAF, sendo condecorado com o Troféu de Honra da Luftwaffe em 28.04.1943 e com a Cruz Germâ- nica em Ouro em 01.08.1943.

Ele seria nomeado Gruppenkommandeur do II/NJG 1 em 22.11.1943 quando já havia abatido 24 aviões inimigos. Bonin chegaria ao final daquele ano com 31 vitórias con-firmadas - três das quais na noite de 25 - 26.11.1943.

Finalmente, em 05 de fevereiro de 1944, o Hauptmann Hubertus von Bonin foi condecorado com a Cruz de Ca-valeiro da Cruz de Ferro.

Bonin deixaria a frente de batalha em 25.101.1944, quando foi no-meado Kommandeur do Schulgruppe I/NJG 102 (uma unidade de treinamento avançado), da qual se tornaria Kommandeur em 28. 03.1945 a qual liderou até o final do conflito, em 08 de maio de 1945.

Quando a guerra acabou, sua família havia sido atingida duramen te: seu pai, Bogislaw von Bonin, servindo como Oberst na Luftwa-ffe, havia sido capturado pelos russos em março de 1945 (do qual nunca mais se teve notícia) e seus irmãos mais velhos Hubertus (também ás e Ritterkreuzträger) e Jürgen Oskar foram mortos em combate na Frente russa (o primeiro como Kommodore da JG 54 em 15.12.1943 e o segundo como Observador no Transportgesch-wader em 08.02. 1942).

Tendo executado aproximadamente 150 missões de combate ao longo da II Guerra Mundial, durante as quais obteve 37 vitórias (in-cluindo duas vitórias diurnas), o Major Eckart-Wilhelm von Bonin faleceu de causas naturais na Alemanha no dia 11 de janeiro de 1992, aos 72 anos de idade.