Nascido em Cloppenburg, Alemanha, em 27 de dezembro de 1916, Baum-bach juntou-se à Luftwaffe como Fahnenjunker (cadete) em 1936, iniciando seu treinamento como piloto de bombardeiros na Fliegerschule de Berlin-Gatow, ao que se seguiu seu encaminhamento ao curso de oficiais, con-cluído em 1938.

Designado para servir como Leutnant junto à reserva do II/KG30 (Gruppe II da Kampfgeschwader 30), Baumbach estava entre os primeiros pilotos a receberem os novíssimos e versáteis bombardeiros bimotores Junkers Ju88.

Quando a guerra eclodiu, em setembro de 1939, ele estava servindo junto ao 5./KG 30 (5º Staffel da KG30), participando ativamente da invasão da Polônia, ao que se seguiram suas primeiras missões sobre o mar do Nor-te, durante a invasão da Noruega em abril de 1940 ao longo das quais foi condecorado com as Cruzes de Ferro de 2ª e 1ª Classes, além de ser agra ciado com o Escudo de Narvik pela sua participação nas missões de apoio às tropas alemãs em combate naquela região.

Baumbach ainda efetuaria outras missões importantes du-rante a Campanha da França, sendo promovido a Oberleut nant em 01.06.1940. Com a rendição francesa e o início da Batalha da Inglaterra, Baumbach e sua unidade passa-ram a se concentrar em missões de ataque contra os com boios de suprimentos e navios de guerra ingleses nas Ilhas Shetlands e Faroes, Mar do Norte e Atlântico Norte.

Ao longo de uma campanha extremamente bem sucedida e violenta, Baumbach - já nomeado Staffelkapitän do 5/KG 30 - foi o responsável direto pelo afundamento de nada me nos que 240.000 BRT (toneladas brutas), o que o levou a se tornar o 20º soldado de toda a Wehrmacht a receber as Folhas de Carvalho da Cruz de Cavaleiro, em 14 de julho de 1941, ocasião em que também foi agraciado por Göring

Promovido a Hauptmann, com 200 missões de combate completas (tendo recebido o Front-flugspange für Kampfflieger in Gold mit Anhän ger) e cumulando um total de 300.000 BRT de navios afundados, Wer ner Baumbach foi agraciado por Hitler com as Espadas da Cruz de Cavaleiro em 17 de agosto de 1942, sendo o 16º soldado alemão e o primeiro piloto de bombardeiros a receber esta honraria. Ele serviria, ainda, como Gruppenkommandeur do III./KG 30 entre julho e dezem-bro de 1942, sendo promovido a Major nesse ínterim (14.10.1942).

Contudo, em razão de sua experiência, Baumbach seria removido da frente de batalha no início de 1943, pas sando a trabalhar no Alto Co-mando da Luftwaffe, assumindo a chefia do departamento de desen-volvimento de novas ar-mas, sendo o responsável direto pelo desenvol vimento e uso efetivo da bomba "inteligente" Henschell Hs 293 - que se mostraria particularmente eficaz contra navios de guer-ra. Depois disso ele foi designado para assumir o comando da KG 200 (Kampf-geschwader 200), a partir de fevereiro de 1944, uma unidade secreta da Luftwaffe que operava armas especiais e equipamento capturado em missões clandestinas.

Em 15.11.1944 ele seria promovido a Oberstleutnant e, naquele inverno, seria nomeado General der Kampfflieger (General de Bombardeiros), su cedendo ao seu colega e amigo Dietrich Peltz - que havia se tornado o Jagdführer da Luftflotte 2.

Promovido a Oberst a partir de 05.01.1945, ele não conseguiria desenvol-ver um relacionamento muito bom com Göring, ficando seu papel muito li mitado nos meses finais do conflito.

Capturado pelos aliados em Hamburgo no final da guerra em maio de 1945, Baumbach imigraria para a Argentina, onde, ao lado de nomes co-mo Adolf Galland, Kurt Tank (projetista chefe da Focke-Wulf) e Hans-Ul-rich Rudel, ajudaria a desenvolver a Força Aérea daquele país.

Atuando como piloto de testes no desenvolvimento de armas "inteligen-tes", ele encontraria tempo para escrever um livro sobre suas experiên-cias, conhecido como "A Vida e a Morte da Luftwaffe" ("The Life and Death of the Luftwaffe" - ainda em catálogo nos dias de hoje).